Edificada por Fray Gaspar de Quintanilla en 1550, fue la primera Iglesia de Honduras Inicialmente llamada Iglesia de la Inmaculada Concepción.
El Retablo mayor fue construida en 1820 por el carpintero Coronado Chávez, quien en 1845 se convirtió en el presidente de Honduras.
En 1561 fue elevada a la categoría de catedral constituyéndose en una de las primeras de América, una de sus torres fue el sitio que alojo en un principio al reloj Moro Donado por Felipe III y que actualmente se encuentra en la Catedral Central, posee interesante y muy trabajados retablos dorados, además de las imágenes de la Dolorosa, el Nazareno, San Pedro, San Juan y la Virgen de la Merced del siglo XVII.
Influencia básicamente renacentista en su estructura, sin embargo debido a intervenciones muy posteriores (principios siglo XVII) se observa en su decoración sobre el remate de la portada trazos característicos del estilo barroco americano. Caso muy similar, al de la catedral de la Inmaculada Concepción.
