Fundada en 1560 por los Antoninos, la Segunda orden que vino a Comayagua, su nombre original fue iglesia y convento de San Antonio En su única torre se encuentra a campana más antigua de América, en ella se puede leer» Campana la Antoniana, fundida en Alcalá de Enares en el año de 1460″
En su interior sobresalen retablos barrocos salomónicos del siglo XVII, primorosamente tallados en madera, cubiertos con lamina de oro.
En uno de su nichos apreciamos la cruz que inicialmente se encontraba en la plaza y que según la historia en el año de 1603, un fantasma en forma de nube aparecía todos los viernes en el rió Chiquito y a las doce del día envolvía la cruz, hasta que fue objeto de un rito de Exorcismo por el sacerdote Franciscano Fray Esteban Verdelete.
Pose también el Nazareno mas hermoso de Comayagua de autor anónimo y de fabricación de finales de siglo XVII cuya mirada hechiza al que lo ve causándole encontrados sentimientos.
