Zacapa se encuentra al sur del departamento de Santa Barbara. El municipio colinda al norte con los municipios de Santa Bárbara y Santa Cruz de Yojoa, al sur con los municipios de Intibucá y Jesús de Otoro, al este con los municipios de San José de Comayagua y Santa Cruz de Yojoa y al oeste con los municipios de Concepción del Sur y San Francisco de Ojuera.
