Pico Bonito tiene un ecosistema húmedo y tropical, además cuenta con un bosque seco y pinares en el sector sur y con un bosque lluviosos en el sector norte.
No solo la flora es un factor importante a considera cuando se visita este lugar sino la gran variedad de fauna silvestre entre ellos: reptiles, aves, mamíferos, anfibios y otros que se consideran en peligro de extinción.
