En los primeros años del siglo XVI, cuando los españoles arribaron a lo que hoy es Honduras, numerosos pueblos indígenas ya habitaban desde las islas y tierras bajas de ambas costas hasta las altas montañas del interior.

En el año de 1502, cuando Cristóbal Colón descubrió el territorio hondureño, la población indígena sumaba varios cientos de miles, siendo quizá el pueblo lenca el más numeroso. Lencas, tolupanes, misquitos y chortíes eran pueblos claramente definidos que tenían sus propios espacios. Otros grupos, todavía con nombres desconocidos, habitaban las espesas selvas de Olancho y La Mosquitia.

Los primeros registros de la presencia del ser humano en Honduras se encuentran en La Cueva del Gigante, muy cerca de la ciudad de Marcala, en el centro-oeste del país. Cazadores y recolectores nómadas utilizaron este inmenso abrigo rocoso para descansar y cocinar sus alimentos desde el Período Arcaico (10,000-4,000 a. C.) hasta el Período Formativo (1760-220 d. C.).

Otro asentamiento indígena precolombino de enorme importancia era Los Naranjos, convertido ahora en parque ecoarqueológico. Los Naranjos fue uno de los asentamientos protolencas más grandes al sur de Mesoamérica. Una ciudad edificada muchísimos años antes de que la mayoría de los grandes edificios de Copán fueran construidos.

Por supuesto, Copán Ruinas es el destino arqueológico más importante del país. La afamada ciudad maya perduró gracias a una larga dinastía de 16 gobernantes, que construyeron la urbe más artística y poderosa al sur de la cultura maya, especialmente durante el Período Clásico, entre los años 250 y 900 d. C.  Es una verdadera joya de América.